由於醫藥生物科技的突飛猛進，人類基因體與蛋白質體研究之快速發展，生技製藥產業已成為二十一世紀的明星工業、商機無限。為因應當今生技醫藥產品管理法規的國際整合化、競爭激烈的全球化以及我國中央政府大力投資與推動的政策化，本署依據九十年八月二十六日「經濟發展諮詢委員會議」產業組總結報告提綱二之第十七項共同意見-考慮設置生技產業單一窗口，特別成立「生技產品諮詢窗口」，由藥政處統合彙整衛生署相關單位之生技管理法規，提供業界發展生技產品相關諮詢，為解決與排除國內生技產業發展疑難，提升生技產業競爭力，期與我國全體生技專業人員共同努力以開創事業，進軍國際，促使我國生技產業起飛，再造經濟奇蹟。
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